COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 22.575454 22.575454 23.625431
2020-12-16 17:00:00 22.250924 22.250924 23.776936
2020-12-15 17:00:00 23.108178 23.108178 23.913518
2020-12-14 17:00:00 23.518142 23.518142 24.087152
2020-12-13 17:00:00 25.616931 25.616931 24.217948
2020-12-12 17:00:00 25.333809 25.333809 24.300457
2020-12-11 17:00:00 23.961665 23.961665 24.366716

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 15.648855 15.648855 22.128480
2020-12-16 17:00:00 18.149718 18.149718 22.462565
2020-12-15 17:00:00 17.211704 44.664372 22.581736
2020-12-14 17:00:00 30.524642 30.524642 21.886106
2020-12-13 17:00:00 21.234568 21.234568 21.738508
2020-12-12 17:00:00 19.757489 19.757489 21.659122
2020-12-11 17:00:00 22.586207 22.586207 21.760080

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 11.994322 8.273973 8.389225
2020-12-16 17:00:00 6.834532 10.428101 8.409917
2020-12-15 17:00:00 6.805708 6.805708 8.334957
2020-12-14 17:00:00 9.243697 9.243697 8.583255
2020-12-13 17:00:00 5.995204 5.995204 8.338728
2020-12-12 17:00:00 7.734304 7.734304 8.395183
2020-12-11 17:00:00 11.378556 11.378556 8.385307

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 6.573541 6.573541 7.983420
2020-12-16 17:00:00 8.989805 8.989805 7.982377
2020-12-15 17:00:00 7.914971 7.914971 7.935106
2020-12-14 17:00:00 11.567944 11.567944 8.072803
2020-12-13 17:00:00 11.062591 8.345463 8.396314
2020-12-12 17:00:00 9.533469 7.099391 8.629855
2020-12-11 17:00:00 6.394172 6.394172 8.950436

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 8.382313 8.382313 9.652924
2020-12-16 17:00:00 12.925463 8.967716 9.980584
2020-12-15 17:00:00 29.898336 6.448077 10.284774
2020-12-14 17:00:00 9.340659 9.340659 10.477978
2020-12-13 17:00:00 12.151116 12.151116 10.898340
2020-12-12 17:00:00 12.814936 12.814936 11.199216
2020-12-11 17:00:00 9.910510 9.910510 11.468784

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 35.035729 35.035729 31.874212
2020-12-16 17:00:00 24.844471 24.844471 31.478887
2020-12-15 17:00:00 32.256384 32.256384 31.347827
2020-12-14 17:00:00 44.463277 44.463277 31.977093
2020-12-13 17:00:00 35.979228 35.979228 31.888700
2020-12-12 17:00:00 28.879655 28.879655 31.917055
2020-12-11 17:00:00 23.159304 23.159304 32.165266

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 36.480908 36.480908 35.705667
2020-12-16 17:00:00 38.911089 38.911089 35.840062
2020-12-15 17:00:00 21.560468 42.081218 35.923168
2020-12-14 17:00:00 47.349823 20.743034 36.163029
2020-12-13 17:00:00 15.837479 31.065329 36.875991
2020-12-12 17:00:00 120.765027 45.614035 36.894461
2020-12-11 17:00:00 38.634280 38.634280 36.546245

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 18.289052 14.572836 16.332211
2020-12-16 17:00:00 16.232038 16.232038 16.548190
2020-12-15 17:00:00 18.738884 18.738884 16.832685
2020-12-14 17:00:00 18.785714 18.785714 17.025316
2020-12-13 17:00:00 15.329136 15.329136 16.614559
2020-12-12 17:00:00 14.518482 14.518482 16.206569
2020-12-11 17:00:00 16.780355 16.780355 16.307745

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 28.376535 20.293315 23.554359
2020-12-16 17:00:00 24.314766 24.314766 23.333390
2020-12-15 17:00:00 19.960474 19.960474 23.431485
2020-12-14 17:00:00 20.162749 20.162749 23.698007
2020-12-13 17:00:00 39.593301 39.593301 24.093427
2020-12-12 17:00:00 21.843854 21.843854 24.499393
2020-12-11 17:00:00 28.404344 28.404344 24.732597

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 25.296516 25.296516 26.613898
2020-12-16 17:00:00 25.863856 25.863856 26.813683
2020-12-15 17:00:00 25.052105 25.052105 27.139701
2020-12-14 17:00:00 22.787557 22.787557 27.433001
2020-12-13 17:00:00 27.160637 27.160637 27.799326
2020-12-12 17:00:00 29.353074 29.353074 28.342771
2020-12-11 17:00:00 30.276175 30.276175 28.944743

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 14.242147 14.242147 15.617763
2020-12-16 17:00:00 12.185834 12.185834 16.399946
2020-12-15 17:00:00 12.297735 12.297735 16.605601
2020-12-14 17:00:00 29.896907 29.896907 17.474972
2020-12-13 17:00:00 19.034428 19.034428 17.942213
2020-12-12 17:00:00 16.311031 16.311031 17.947361
2020-12-11 17:00:00 16.971188 16.971188 18.175314

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 7.957245 7.957245 6.534344
2020-12-16 17:00:00 4.012841 4.012841 6.391671
2020-12-15 17:00:00 7.355865 7.355865 6.365359
2020-12-14 17:00:00 11.869436 11.869436 6.313960
2020-12-13 17:00:00 10.420315 3.633975 6.192169
2020-12-12 17:00:00 7.531381 7.531381 6.751270
2020-12-11 17:00:00 7.344064 7.344064 6.966861

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 46.742671 46.742671 54.674911
2020-12-16 17:00:00 54.913295 54.913295 54.021406
2020-12-15 17:00:00 35.059761 98.406375 54.972163
2020-12-14 17:00:00 21.383648 76.729560 54.831918
2020-12-13 17:00:00 47.537879 47.537879 54.384971
2020-12-12 17:00:00 37.091988 37.091988 53.967811
2020-12-11 17:00:00 60.869565 60.869565 53.411845

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 74.198718 35.176282 40.093371
2020-12-16 17:00:00 55.963303 55.963303 40.586721
2020-12-15 17:00:00 68.670310 36.338798 38.300827
2020-12-14 17:00:00 60.962567 60.962567 38.109136
2020-12-13 17:00:00 71.363636 71.363636 35.867711
2020-12-12 17:00:00 31.267606 31.267606 34.252753
2020-12-11 17:00:00 38.554217 38.554217 32.713437

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 13.940638 13.940638 17.384714
2020-12-16 17:00:00 16.343826 16.343826 17.621652
2020-12-15 17:00:00 15.861179 15.861179 17.863211
2020-12-14 17:00:00 17.277487 31.871728 18.189684
2020-12-13 17:00:00 24.652524 24.652524 18.786741
2020-12-12 17:00:00 21.990247 15.406888 19.275641
2020-12-11 17:00:00 20.391282 13.898372 20.091075

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 25.936669 25.936669 29.869954
2020-12-16 17:00:00 29.702547 29.702547 30.556627
2020-12-15 17:00:00 18.465704 18.465704 31.177254
2020-12-14 17:00:00 22.558459 22.558459 31.403536
2020-12-13 17:00:00 61.070686 61.070686 33.259268
2020-12-12 17:00:00 38.997361 38.997361 34.624418
2020-12-11 17:00:00 39.208478 39.208478 34.470672

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 7.386990 7.386990 7.631035
2020-12-16 17:00:00 8.405978 7.798742 7.942199
2020-12-15 17:00:00 7.636364 7.636364 8.068870
2020-12-14 17:00:00 12.063492 12.063492 8.457539
2020-12-13 17:00:00 19.905660 7.877358 8.541152
2020-12-12 17:00:00 6.102434 6.102434 9.038966
2020-12-11 17:00:00 5.406881 5.406881 9.549334

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 15.425438 15.425438 17.989430
2020-12-16 17:00:00 16.527002 16.527002 18.059363
2020-12-15 17:00:00 19.628025 19.628025 18.218537
2020-12-14 17:00:00 19.723781 19.723781 18.334418
2020-12-13 17:00:00 18.426454 18.426454 18.499243
2020-12-12 17:00:00 17.104377 17.104377 18.632159
2020-12-11 17:00:00 22.185210 22.185210 18.929586

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 15.186246 15.186246 14.970198
2020-12-16 17:00:00 12.841387 12.841387 15.204806
2020-12-15 17:00:00 12.007233 12.007233 15.339009
2020-12-14 17:00:00 17.023718 17.023718 15.480082
2020-12-13 17:00:00 15.835294 15.835294 15.806641
2020-12-12 17:00:00 14.321357 14.321357 16.115848
2020-12-11 17:00:00 18.841411 18.841411 16.768886

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 18.218623 18.218623 17.275206
2020-12-16 17:00:00 16.034156 16.034156 16.844139
2020-12-15 17:00:00 12.868440 12.868440 16.447189
2020-12-14 17:00:00 37.404580 17.105263 15.856983
2020-12-13 17:00:00 20.279720 20.279720 15.913486
2020-12-12 17:00:00 22.399151 22.399151 15.955209
2020-12-11 17:00:00 20.956938 20.956938 15.890233

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 13.669065 13.669065 17.107406
2020-12-16 17:00:00 14.285714 17.272727 17.213565
2020-12-15 17:00:00 18.018018 18.018018 17.431186
2020-12-14 17:00:00 16.867470 16.867470 18.089497
2020-12-13 17:00:00 18.994413 18.396226 18.741984
2020-12-12 17:00:00 28.735632 28.735632 20.082465
2020-12-11 17:00:00 10.000000 10.000000 20.761613

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-17 17:00:00 71.091731 71.091731 67.941467
2020-12-16 17:00:00 65.550404 65.550404 68.126167
2020-12-15 17:00:00 61.549870 61.549870 68.300381
2020-12-14 17:00:00 84.599282 84.599282 68.597911
2020-12-13 17:00:00 79.487179 79.487179 69.053313
2020-12-12 17:00:00 66.745221 47.224404 69.490520
2020-12-11 17:00:00 82.093023 82.093023 70.424082

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 15.648855 15.648855 22.128480
Basilicata 11.994322 8.273973 8.389225
Calabria 6.573541 6.573541 7.983420
Campania 8.382313 8.382313 9.652924
Emilia-Romagna 35.035729 35.035729 31.874212
Friuli Venezia Giulia 36.480908 36.480908 35.705667
Lazio 18.289052 14.572836 16.332211
Liguria 28.376535 20.293315 23.554359
Lombardia 25.296516 25.296516 26.613898
Marche 14.242147 14.242147 15.617763
Molise 7.957245 7.957245 6.534344
P.A. Bolzano 46.742671 46.742671 54.674911
P.A. Trento 74.198718 35.176282 40.093371
Piemonte 13.940638 13.940638 17.384714
Puglia 25.936669 25.936669 29.869954
Sardegna 7.386990 7.386990 7.631035
Sicilia 15.425438 15.425438 17.989430
Toscana 15.186246 15.186246 14.970198
Umbria 18.218623 18.218623 17.275206
Valle d'Aosta 13.669065 13.669065 17.107406
Veneto 71.091731 71.091731 67.941467

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Thu Dec 17 17:21:21 2020 revision 127, a7bacbc